V souvislosti s pandemií covid-19, způsobenou koronavirem SARS-CoV-2, se ukázala omezená flexibilita pracovnělékařských služeb. Během pandemie se osvědčilo nahrazování potvrzení o zdravotní způsobilosti čestným prohlášením zaměstnance, které bylo spojeno s použitím formuláře. Platnost čestných prohlášení nahrazujících lékařské prohlídky, resp. lékařské posudky, by se prodloužila na určitou dobu po skončení (ode dne skončení) krizového stavu nebo mimořádného opatření. V rámci pandemie covid-19 Česká republika v porovnání s jinými členskými státy Evropské Unie patřila mezi ty země, které nejrazantněji omezily poskytování pracovnělékařských služeb.
I tyto situaci byly námětem, jak směřovat pracovnělékařské služeb v České republice i v době krizových stavů. Obecně lze říci, že provádění pracovnělékařských prohlídek bude odlišné dle druhu prohlídky a dle zařazení práce do kategorie. Cílem bylo, aby u rizikových prací, tj. prací zařazených do kategorie druhé rizikové, třetí nebo čtvrté, a u prací, jež mají stanovené omezení podle prováděcího předpisu, či tak stanoví jiný právní předpis, byly zachovány pracovnělékařské služby v plném rozsahu, kdy jsou i nadále prováděny pracovnělékařské prohlídky, dohled na pracovišti či poradenství. Poradenství bude možné poskytovat alternativně (využití online technologií aj.). Dohled na pracovišti bude pozastaven.
Změny jsou zahrnuty do novely vyhlášky č. 79/2013 Sb., o provedení některých ustanovení zákona č. 373/2011 Sb., o specifických zdravotních službách, s účinností od 1. ledna 2026.